Якуши Кабуто предан сердцем своему хозяину, Орочимару. Когда он первый раз появляется, он играет роль опытного персонажа. Он был шпионом для Орочимару, и его правой рукой. Кабуто сдавал экзамен на Чунина семь раз, собирая информацию, которая будет полезной для Деревни Звука. Каждый раз он достигал заключительных раундов, но выбывал, чтобы снова участвовать и собирать больше данных для своего хозяина. Он был в команде с Акадоу Ёрои, и Тсуруги Мизуми, которые также были шпионами Орочимару. 

Когда-то давно было сражение между Листом и неизвестными людьми. Впоследствии маленький ребенок врага был найден медицинским доктором-джонином Листа. Доктор принял мальчика и вырастил его как сына, преподавая ему медицинское джутсу. Этот мальчик вырос  и получил обычную карьеру, закончив академию в возрасте 10 лет после попадания в финал и выполнив малое количество миссий. 

Перед сдачей своего последнего экзамена на Чунина Кабуто взаимодействует с Командой 9. Он получает доверие Команды 7 и даже показывает им свои информационные карты различных ниндзя. Когда команды входят в Лес Смерти для сдачи 2 части экзаменов, Кабуто появляется при фатальном столкновении между Командой 7 и Звукового трио. Кабуто приходит как раз вовремя, чтобы не дать Наруто открыть свиток, которым они обладали, который может дисквалифицировать их из соревнования. 

Кабуто рисует план, прося их руководить походом к Башне в центре леса. Он предполагал, что другие команды будут поблизости, и это позволит Наруто и компании украсть свиток, которого им не хватало. Действуя по плану, Кабуто и Команда 7 приостановлены Нинзя Дождя, которые используют Генджутсу, чтобы вымотать и забрать свиток у команды. В этой схватке, очки Кабуто разбились, показывая его глаза, которые были красными налитыми кровью. Проявилась Кабуто "старая кровь", которая обладает секретной способностью, которая ни разу не была показана до настоящего времени. 

Кабуто, подобно предыдущим годам, воздержался от боевых раундов Чунин экзаменов. Хотя его товарищи по команде вступили, Кабуто ушел к удивлению Команды 7. Он сказал, что был вымотан их сражением с Ниндзя Дождя. После того, как вступительный экзамен был окончен, он встретил Орочимару. Эти двое обсуждали цели Орочимару относительно Саске и его похищения. Орочимару сказал Кабуто, что единственный способ помешать ему состоит в том, чтобы убить Саске. Кабуто пришел в больницу, убив АНБУ, охраняющих Саске, и очевидно убил бы Саске, если б не вмешался Какаши. Он отчитал Кабуто за его высокомерие. Какаши двинулся, чтобы схватить Кабуто, но молодой человек упал мертвым, в то время как один из трупов АНБУ поднялся, чтобы бежать. Один из двойников Какаши остановил бы его, но увидел как другой АНБУ выпрыгнул через окно, чтобы убежать. Медицинские навыки Кабуто и обман удивили даже Какаши. 

Кабуто появляется снова, убивая другого АНБУ перед началом финального экзамена на Чунин. В этой маскировке он прошел на арену. Там он излечил поврежденную после борьбы с Неджи Хинату, это еще раз вызывает сомнение  в намерениях. Позже, в течение сражения Гаары с Саске, Кабуто применил Nehan Shouja Джутсу, усыпив многих людей на стадионе и сигнализируя начало вторжения Песка и Звука. 

После неудачного вторжения Кабуто и Орочимару разыскивали Цунаде, с помощью которой Орочимару надеялся вылечить свои поврежденные Сандаиме Хокаге руки. В результате непредвиденных обстоятельств, Цунаде отказалась помогать Орочимару. Цунаде с помощью Наруто, Джираи и Шизуне боролась с Кабуто и Орочимару. Кабуто распылил кровь на Цунаде (у нее была боязнь крови), препятствуя ее участию в сражении. Хотя он показал себя хорошо в сражении, Наруто применяет недавно выученный Rasengan, нанося Кабуто сильное повреждение. Если бы не его медицинские знания, возможно он не выдержал бы. В ходе сражения, Кабуто и Орочимару отступили в их логовище еще раз. 

Когда Орочимару отправил свою элиту, чтобы привести Саске, Кабуто уговаривал хозяина быстро перейти в другое тело и даже предложил себя. Орочимару, однако, отклонил его предложение и выбрал другую альтернативу. Кабуто принуждал смертельно больного Ниндзя, Кагую Кимимаро, сразится за Саске, чтобы помочь Орочимару получить его совершенное тело. 

Несколькими годами позже Коноха получила известие, что у члена Акатсуки, Сасори, был шпион в окружении Орочимару. Этим шпионом был Кабуто, которому приказали собрать информацию про Tensei Kinjutsu Орочимару. Изображая из себя Сасори, ниндзя Листа пошел, чтобы встретить Кабуто. Но вскоре открывается, что он истинно предан Орочимару, и что встреча была ловушкой для попытки убийства Сасори. 

Орочимару в конечном счете встретился с недавно сформированной Командой "7, с Ямато и Саем вместо Какаши и Саске. Орочимару отразил Куюби-Наруто, однако в сражении, Сакура ужасно пострадала от чакры Куюби после попытки успокоить Наруто. Кабуто был связан Ямато, но так или иначе излечил ее. Возникает вопрос: где его лояльность и каковы его истинные побуждения? 

Кабуто тогда помогал Орочимару и Саю в побеге к их скрытому логовищу. Там Кабуто получил подарок от Сая, настоящий список Членов АНБУ Листа. С этими данными он очень расширил их книгу Bingo. У Сая не было никаких планов к переходу на сторону Орочимару. Его реальная цель состояла в том, чтобы добраться близко к Саске и убить его, не позволяя Орочимару принять его тело. Кабуто был захвачен Саем и связан в лесу Ямато. Он убежал и отступил с Орочимару и Саске. 

Кабуто - очень таинственный человек. Даже при том, что он - подчиненный Орочимару, он часто бросает вызов ему, и даже показывает свои собственные планы. Кто знает, какие неожиданности готовит нам этот этот загадочный нинзя. Он - очень квалифицированный и умный ниндзя, поскольку он показывает свое мастерство много раз, не отставая от Какаши и даже Саннина Цунаде в сражении.