Сарутоби был Третьим Хокаге, отцом Сарутоби Асумы и дедушкой Конохамару. Он был приемным братом Первого и Второго Хокаге, бьющихся с Данзоу за положение и был предметом большого престижа. Ребенком он был в команде под предводительством Первого Хокаге с Хомура и Кохару, которые будут позже служить с ним в административном совете деревни.

Сарутоби рос сильным и совершенствовал навыки, чем заработал прозвище "Профессор" и "Бог шиноби" из-за обширного знания джутсу. Он был знаком с каждым джутсу своей деревни. Сарутоби был также ответствен за формирование трех легендарных ниндзя. Этих учеников стали называть "Легендарной Троицей Ниндзя": Джийрая, Орочимару и Цунаде. Он также был отцом двух детей, один из которых Асума, стал элитным опекуном феодального лорда страны. Немного людей могли обсуждать его уровень талантов и навыков. 

Поскольку приближалась старость, Сарутоби начал рассматривать отставку и выбрал преемником для собственного положения Четвертого Хокаге. Его начальный выпал на его ученика, Орочимару. Однако, Орочимару начал развивать аморальные и неэтичные идеалы. Рассматривая его неустойчивость, он не был отобран, и Сарутоби выбрал человека, которого называли "Желтая Вспышка Конохи". Однако, это не длилось долго. Сарутоби наслаждался очень краткой отставкой, так какКоноха была атакована Девятихвостой Лисой, атака закончилась жертвой Четвертого Хокаге, чтобы запечатать Кьюби внутри новорожденного младенца. 

Выходя из отставки с тяжелым сердцем, Сарутоби возобновил свои обязанности как Хокаге, только позже представ перед даже более страшным открытием. Несколько ниндзя исчезали без следа, он штурмовал заминированную лабораторию, скрытую в пределах Конохи с двумя членами АНБУ, подтвердив душераздирающую правду. Окруженный трупами прикованными к стенам и с живым экспериментированием на плите, он нашел Орочимару, пойманным на месте преступления, рассекая труп. 

Как объяснил Орочимару, его цель была всеведение, и вечная жизнь через экспериментирование джутсу. Сарутоби стоял рядом и разрешил ему закончить. Из-за его доброго сердца и момента слабости, он разрешил Орочимару сбежать из лаборатории, неспособный убить его. Когда Орочимару нашел белую кожу змеи, Сарутоби упомянул, что среди других вещей, это был символ возрождения и что, возможно, его родители будут появятся снова. В течение некоторого времени, поскольку он шиноби, Орочимару был назначен учителем Митараши Анко, которую он использовал как эксперимент для новой техники с разрядом выживания 10 %. Анко была единственной оставшейся в живых, но носила проклятую печать, оставленную ей Орочимару. Сарутоби проследил, чтобы ее запечатали, в конечном счете вынуждая отступить полностью без настоящего Орочимару. 

Отъезд Орочимару, наряду с Джираей, отправившимся по следу Орочимару и прекращение Цунаде службы деревне, оставил его от легендарных студентов теперь немного больше чем сборник рассказов. Некоторое время деревня была относительно нормальна. Однако, мальчик Наруто начал вызывать неприятность в форме многократных шуток. Их отношения сделались даже более трудными из-за знания Наруто, являющегося сосудом для Девятихвостой лисы, а также факта, что Наруто намеревается стать Хокаге однажды. Наруто был часто сердитым из-за легких миссий, назначаемых им, пока ему не наконец давали миссию эскорта, которая была больше, чем первоначально ожидаемая. Вскоре после первой миссии Наруто самое последнее проведение Экзамена на Чунина проводилось в Конохе, чтобы оказать гостеприимство. Для самой большой части Сарутоби держал позицию владельца церемоний, объявляя и объясняя события участникам с конца второго раунда. 

В это время он был приведен в готовность Анко, потому что Орочимару проник на экзамен. Анко осталась близко к нему в это время, поскольку события начали развиваться в худшую сторону. Анко прокомментировала, что лучше, если Четвертый Хокаге был бы тут. Сарутоби ответил, что он уже сделал свою часть для деревни. Поскольку приближался финал Экзамена на Чунина, Сарутоби встретился с Четвертым Казекаге. Несмотря на конкуренцию между странами шиноби, они делились шутками и сели на балконе, чтобы наблюдать схватки. Все шло гладко до последнего состязания, где Гаара начал становиться неистовым. Внезапно, взорвались дымовые бомбы, и он и его компаньон были окутаны дымом. Телохранители Сарутоби были побеждены, в то время как сам Казекаге взял его в заложники, затянув его на крышу. Люди оделись в униформы Скрытого Звука, появились и создали волшебный барьер, заманивая в ловушку Сарутоби на крыше с его противником. 

Сначала он пробовал говорить с Казекаге, чтобы выяснить недоразумения. Однако, когда Сарутоби был назван его реальным именем как преподаватель он понял, кем был его захватчик. Срывая маску, Орочимару показал себя. Сарутоби сказал, что ожидал, что Орочимару однажды вернется, чтобы отомстить. Слезы появились в глазах Орочимару, которые заставили Сарутоби спросить его, счастлив ли он убивать своего прежнего наставника, или слезы имеют горечь. Орочимару пожал плечами в ответ. Орочимару объявил, что его цель была разрушить Коноху с помощью Скрытого Песка. Приготовясь к сражению, эти двое начали бороться. 

Сарутоби запустил сюрикен, но Орочимару использовал Эдо Тенсеи, технику вызова, которая заставила гробы подняться на крышу. Сарутоби узнал гробы, и остановил третий от появления. Оставленный два гроба заскрипели, открываясь, и появились ожившие трупы Первого и Второго Хокаге. Они поприветсвовали Сарутоби, он понял, что они были возвращены, чтобы бороться за Орочимару. Поскольку он усмехался, его наставник, Сарутоби отчитывал его за эти действия. Орочимару оживил и промыл их мозги, спрашивая Сарутоби, если он любит повреждать его прежних учителей столько, столько он наслаждается повреждать его. Последовало сражение уровня Хокаге, поскольку был показан самый высокий уровень джутсу, Сарутоби изрыгал огромную стену пламени, которому противостояли, поскольку второй Хокаге вызвал стену воды из ниоткуда. Он напал с драконо-форменным потоком воды, Сарутоби использовал земной элемент, чтобы блокировать его баррикадой камня. Первый Хокаге тогда вмешался, используя его собственный специальный Деревянный элемент, чтобы запутать баррикаду и Сарутоби в вырасшем лесу. 

Это вынудило Сарутоби обратиться к королю обезьян, Енме. Енма был разъярен, наблюдая за действиями Орочимару и Сарутоби. Сарутоби поклялся не повторять его ошибки. Орочимару тогда вытянул его собственное оружие, катану по имени Кусанаги. Сарутоби нацелил удар в него, который был блокирован, но Енма ревел в гневе, поскольку напали братья Хокаге. Было очевидно, что старый возраст значительно уменьшил способности Сарутоби. 

Он был все еще достаточно быстрым и смог прикрепить к братьям на ноги взрывчатое вещество, взрывая их ноги. К его удивлению, их ноги просто повторно выросли как пепел и грязь, и их тела возвратились. Понимая, что он имеет дело с их душами, вместо тел, он заново продумал стратегию, поскольку Орочимару продолжал говорить ему колкости. Чтобы остановить бессмысленое обменивание джутсу, он планировал использовать джутсу Четвертого Хокаге.

Снова Орочимару высмеял его, срывая другую эластичную маску. Казалось, что Орочимару не был тем, кем он является, поскольку женщина скрывалась позади его лица, но все же все он еще утверждал, что был Орочимару. Тогда Енма понял, что Орочимару, являющийся молодой леди, подразумевал, что он выполнил специальнон джутсу, последовательные убийства и человеческое экспериментирование. Память Сарутоби вернулась ко дню, когда он поймал Орочимару, он вспомнил о речи Орочимару относительно приобретения бессмертия, для того, чтобы не потерять работу  жизни из-за его собственной смерти. Орочимару объяснил, что он заменял новые тела хозяина, переходя от один в другое. Молодая девочка была его первым перемещением, а следующим будет Саске. Для Сарутоби он возобновил его старое лицо, чтобы подсыпать соль в раны. 

Все еще отвлеченный открытием, Енма должен был защитить его в следующее мгновение, поскольку он был почти пойман другим нападением Деревянного элемента. Сарутоби размножил себя и  начал делать ряд печатей. С удивлением Енма узнал порядок, в котором они шли. Внезапно чудовищное существо появилось позади Сарутоби, невидимое остальным,с ужасно омерзительным телом, изображая спектральную фигуру человека с волосами и сжимая кинжал между зубчатыми зубами. Сарутоби объяснил, что это была непосредственно Смерть, Шинигами. Орочимару обещал стереть всю деревню, даже каменный памятник. Сарутоби клялся защищать его, поскольку первый Хокаге окружил его иллюзорной темнотой. Сарутоби,напомнил себе о поколениях шиноби, преподавателей и студентов, предшественников и преемников, каждого человека в деревне, которых он рассмотривал как семью, которую будет защищать. 

Даже когда Орочимару обещал убить его и крушить деревню, он отрицал, что такое возможно, потому что "будет пожар" сжигающий все, гарантируя что кто-то всегда защитит деревню вместо него. Сарутоби сказал, что он не преподавал бы Орочимару другое джутсу, которое он не знал, он начал Шики Фууджин, запечатывающее джутсу, которое призывает бога смерти. Рука Шинигами протянулась и захватила сами души братьев Хокаге, затем вытянула их из тел. 

Поскольку промывание мозгов Орочимару постепенно проходило, они приносили извинения Сарутоби за неприятности, которые они причинили, он мог только просить прощения за его собственное возмездие. Их души были запечатаны внутри их двойников, заставляя братьев распасться в груды праха. Посмотрев ближе, Сарутоби заметил лица двух из подчиненных Орочимару, которые участвовали в Экзамене на Чунина и представляли Скрытый Звук. Сарутоби стало противно то, что Орочимару жертвует его собственными людьми. 

Атакуя Орочимару, Енма отвлек его и оставил его открытым для Сарутоби. Орочимару осознал слишком поздно, что это было неправильно. Используя Кусанаги, он направил его в спину Сарутоби, поскольку Шинигами начал тащить из него душу. Меч попал, но Енма захватил лезвие, чтобы остановить его. Любопытно то, почему Сарутоби не выпускал своюсилу, чтобы избежать меча, он был информирован, что Шинигами уже использовал его душу как среду, чтобы извлечь другие, гарантируя его смерть. Тем же самым способом Четвертый запечатал Девятихвостого лиса. С душой, уже наполовину извлеченной, Орочимару смотрел Смерти в лицо, видя отвратительное существо, поскольку оно сытно наполнено душами запечатанных братьев Хокаге. Опасение захватило Орочимару, поскольку Сарутоби объяснил, что использовший Шинигами не умирают, но существуют внутри живота Смерти, навсегда связанные, чтобы бороться против друг друга в ненависти. 

Меч Орочимару, даже, ограниченный Енма, все еще делал достаточно ущерба для Сарутоби, чтобы не дать закончить запечатывание. Однако, это не было закончено для Орочимару. Вместо выдвижения его полной души, Шинигамипереместился к центру его души, к рукам. Как сказал Орочимару, его действия были бесполезны, но Сарутоби напомнил ему, что Коноха не должна сдаться легко, так как истинная сила шиноби появляется при попытке защитить кое-что драгоценное. Дав заключительный урок своему ученику, Сарутоби решил предотвратить исполение джутсу Орочимару. Шинигами отрезал и запечатал душу рук Орочимару. На его собственных глазах, руки Орочимару стали мертвыми и бесполезными. Сарутоби упал на землю, оплатив своей собственной душой дызов Шинигами, но с улыбкой. На мгновение он увидел Орочимару, кричащего в бешенстве. Он видел своего любимого ученика как ребенка еще раз, образ, которым он помнил его. 

Несколькими днями позже были похороны. Каждый нинзя в деревне пришел, чтобы отметить его смерть. Желания огня все еще жило в каждом, для которых он умер. Через небольшое время после этого установили памятник, чтобы оплакать павшего Хокаге. Асума посетил памятник, чтобы принести извинения своемуотцу и показать, насколько он изменил его в лучшую сторону.