Нарушив главный запрет Алхимии и попытавшись воскресить маму, талантливые братья Элрики заплатили высокую цену: младший, Альфонс, потерял тело, и теперь его душа прикреплена к стальным доспехам, а старший, Эдвард, лишился руки и ноги, поэтому ему приходится пользоваться протезами – автобронёй. Благодаря проявленным способностям Эд получил звание государственногоалхимика и, таким образом, стал частью военной машины государства. Теперь у него есть шанс вернуть Алу прежнее тело. Впереди странствия и приключения, разгадки страшных тайн и бесконечные сражения…
По сравнению с первой экранизацией, в обновлённом «Стальном Алхимике» даже дизайн персонажей стал более «взрослым». В целом это более динамичное произведение. С первой же серии героев бросает в самую гущу событий: резня в Иштваре, борьба отступников с Армией и фюрером Брэдли, гомункулы и многочисленные «намёки» на дальнейшее развитие истории.
Почти полностью сохранился ансамбль сэйю, и остались прежними характеры героев, но здесь уже иной состав эпизодов, которые играют ключевую роль в формировании образов и объясняют суть происходящего. Вновь серьёзную атмосферу разбавляют юмористические вставки, но сократились светлые моменты счастливой жизни, поэтому сериал кажется более мрачным. Больше внимания уделено второстепенным и третьестепенным персонажам, особенно военным. Что касается сюжета, то основные темы остались неизменными: поиски Философского Камня, расплата за совершённое, политика и коварные планы загадочных врагов.